Oddělení kvality vod (jakosti vod) se věnuje pravidelnému manuálnímu měření kvality vody, a to jak chemickými, tak biologickými metodami. Výzkumné týmy v pravidelných intervalech provádějí měření na vybraných stanovištích, kde zaznamenávají hodnoty konduktivity, teploty a pH vody. Následně provádíme chemické rozbory zaměřené na koncentrace dusičnanů a od roku 2026 také amonných iontů, dusitanů, fosforečnanů a zákalu vody. Mapujeme také zdroje znečištění v toku, které přesně lokalizujeme a zaznamenáváme do mapy; u každého zdroje provádíme stejná měření jako na stanovištích.